В третьем сезоне "Во все тяжкие" Уолтер Уайт заключает сделку с наркобароном Гусом Фрингом, который строит для него современную метамфетаминовую лабораторию в подвале прачечной. Пока Уолтер начинает работать с новым напарником Гейлом Беттикером, Джесси Пинкман отправляется в реабилитационный центр, чтобы избавиться от наркозависимости. После возвращения Джесси обнаруживает, что его место в лаборатории занято, и пытается самостоятельно вернуться в наркобизнес, что приводит к постоянным конфликтам и проблемам.
Пинкман вступает в противостояние с агентом Шрейдером, и Уолтер Уайт вынужден неоднократно выручать своего бывшего ученика из опасных ситуаций. Чтобы уладить конфликт и контролировать Джесси, Уолтер предлагает ему вернуться в лабораторию в качестве помощника. Этот сезон углубляет сложные отношения между главными героями и демонстрирует, как Уолтер всё больше погружается в мир наркобизнеса под влиянием Гуса Фринга.